蒙古先后征服了這七大區(qū)域，但并不是這七個區(qū)域都成了元朝的疆域，因為在這期間，有的地區(qū)已經(jīng)成為其他汗國的領(lǐng)土。從成吉思汗十五年（公元1219年）進行第一次西征開始，蒙古帝國的疆域迅速擴張，從中亞、西亞直到歐洲。成吉思汗晚年實行分封，將今天山、阿爾泰山、額爾齊斯河以西的土地都封給了三個兒子。由于大家服從成吉思汗，帝國還是統(tǒng)一的。在窩闊臺當大汗時，也還可以指揮其他各部，但到蒙哥（憲宗）和忽必烈（世祖）時，各部已經(jīng)不相統(tǒng)屬。互相爭奪大汗的位置，蒙古帝國分裂成元帝國和四大汗國。

　　今新疆的天山以北地區(qū)大部分已經(jīng)封給了窩闊臺國，因此始終不在元帝國的管轄之下。阿母（姆）河南岸被成吉思汗征服以后，沒有分封，所以一直由大汗統(tǒng)治。蒙哥汗時在那里設(shè)置了阿母河行省，但因離大汗統(tǒng)治區(qū)太遠，因此蒙哥汗末年將它并入了伊利汗國。蒙哥汗元年（公元1251年）在今新疆烏魯木齊一帶設(shè)置了別失八里行省，治所在別失八里（今新疆吉木薩爾縣北破城子）。察合臺汗國一度據(jù)為己有，后期才重新成為元朝的轄區(qū)。今伊犁河流域也未分封，元世祖至元十二年（公元1275年）設(shè)置了阿里麻里（一作阿力麻里、阿力馬力）行省，以阿里麻里（今新疆霍城縣水定鎮(zhèn)西北）為治所。但該行省存在的時間更短，兩年后就廢了，以后并入察合臺汗國。因此在大部分時期，元朝的疆域還沒有包括今新疆的全部。

　　從元朝開始，整個青藏高原成了中原王朝的一部分，與中國的其他部分結(jié)成了一個不可分割的整體。根據(jù)吐蕃地區(qū)普遍信奉喇嘛教的實際，元朝將它劃歸掌管全國佛教事務(wù)的機構(gòu)——宣政院（至元初設(shè)置時稱總制院，至元二十五年改名）管轄，并根據(jù)當?shù)匦枰�設(shè)分院駐理。在境內(nèi)設(shè)立吐蕃等處（脫思麻），吐蕃等路（朵甘思），烏思藏、納里、速古魯孫等三路三個宣慰司，脫思麻司轄有今青海黃南州至四川阿壩州一帶，朵甘思司轄有今青海果洛州、玉樹州至四川甘孜州、西藏昌都地區(qū)，烏思藏司轄有今西藏大部分和克什米爾之地。宣慰司下分轄元帥府、總管府、萬戶府、千戶府、宣撫司、安撫司、招討司、萬戶、千戶等機構(gòu)。這些機構(gòu)有的管理軍事，有的辦理民事，有的兼管軍民。因此盡管元朝為了更有效地統(tǒng)治吐蕃，充分利用了宗教因素，對吐蕃地區(qū)實行不同于漢族地區(qū)的政策，但同樣建立了一整套行政和軍事機構(gòu)，行使著完全的主權(quán)。

　　除了今新疆地區(qū)的較大變動外，元朝的疆域是穩(wěn)定的：在北方，西起今額爾齊斯河，東至鄂霍次克海。在東部，擁有朝鮮半島東北部。在西南，包括今克什米爾地區(qū)以及喜馬拉雅山南麓的不丹、錫金等地，今緬甸東北部和泰國北部。與漢、唐極盛時期的疆域相比，元朝不僅在面積上大大超過了它們，而且在控制程度上也有過之而無不及。除了吐蕃地區(qū)和今新疆東部三個直屬于朝廷的單位（別失八里、哈剌火州、哈密力）以外，元朝在全國都設(shè)置了行中書�。ê喎Q行省），其中包括漢唐時從未設(shè)置過正式行政區(qū)的蒙古高原以北和遼河下游以北地區(qū)。對周圍的鄰國，元朝都曾進行過軍事征服，有的還設(shè)置過行政機構(gòu)。但元朝的統(tǒng)治能維持的時間都不長，而且這些國家仍然是獨立的，所以還不屬于元朝的疆域。如元朝對安南（今越南）用兵三次，一度占領(lǐng)了安南，并派了達魯花赤（地方行政長官）去監(jiān)督行政，但在安南的激烈反抗下，最后不得不撤出。元朝在緬甸設(shè)置過緬中行省，存在的時間也很短。至元二十二年（公元1285年）在高麗設(shè)征東行省，但該省的長官（丞相）就是高麗國王，而且對高麗國內(nèi)仍稱國王，所以高麗實際上只是元朝的屬國。