在明朝建國之初就已經(jīng)制定的一些制度，對整個明朝有深遠(yuǎn)的影響。朱元璋出生在社會底層，所以他對很多多東西的認(rèn)知不足，導(dǎo)致朱元璋的一些制度存在的缺點(diǎn)。
第一對于吏治的薪酬等福利制度。
明朝官員的工資、休假福利待遇極低等可能是導(dǎo)致后期官員們腐敗的重要原因，朱元璋是苦出身的原因，因此它將人們的生活需要想得太簡單，人在官場上飄你難免需要一些接待活動，家里的面子場子也需要撐起來，這一切都是需要一定的俸祿來維持的，而明朝期間官員的俸祿可以說是整個封建朝代最低的，這種標(biāo)準(zhǔn)，迫使官員們不得不去進(jìn)行一些小偷小摸的油水，而這種行為的進(jìn)行，很多時候只是為了維持基本的生活水準(zhǔn)，并不是為了奢侈的生活，不過可能由于是后期發(fā)展愈演愈烈，他們開始轉(zhuǎn)向各種各樣的收藏銀子的愛好。因此低薪酬的養(yǎng)官員制度，反而導(dǎo)致了當(dāng)時的百姓的生活變得更加的勞累，他們不得不承受重大的稅負(fù)壓力。
第二個是朱元璋的御史言官檢舉監(jiān)察制度。
在建國的初期，國家機(jī)構(gòu)和制度的運(yùn)行，官員對于制度的執(zhí)行，都還在起步階段，可以有一定的作用，能能開國的初期相對來說立規(guī)矩的時候肯定是效果最好的時期，大家都會盡力的去做，以免自己被挑出來�？墒堑搅撕笃谝呀�(jīng)形成了相互的陣營，這就使得這種相互監(jiān)察制度舉報(bào)制度變成了鏟除異己、鎮(zhèn)壓政敵的制度。
第三是明朝國家財(cái)政和經(jīng)濟(jì)制度。
明朝建國之初，國家已經(jīng)開始發(fā)行紙幣，一種"大明寶鈔"紙幣，無視經(jīng)濟(jì)規(guī)律只發(fā)不收，既不分界，也不回收舊鈔，發(fā)行數(shù)量又無限制。"大明寶鈔"面額以一貫為最高，即使到后期發(fā)生通貨膨脹，也沒有發(fā)行大鈔。致使市場上流通的紙幣越來越多，泛濫成災(zāi)，發(fā)行當(dāng)年就通貨膨脹，貶值極快，人民紛紛棄之，不到二十年，便趨于衰敗。
定額稅收制度，是最大的弊端。不管耕地增加多少，人口又上升多少，生產(chǎn)力進(jìn)步多少，明代農(nóng)業(yè)賦稅始終就維持在這個水平左右。換句話說，豬肉都漲價了，明朝的稅收還是那么多！致使物價在上漲，國家開支在增加，可收入并沒有隨著經(jīng)濟(jì)的發(fā)展進(jìn)步而增加，以至于國家財(cái)政入不敷出。
此外，商稅在整個明代始終都處于名存實(shí)亡的狀態(tài)，甚至還有的商賈本身就是蕾紳，他們支持禁海，卻自獲海上走私牟取利，他們支持減稅，家里卻良田萬畝�？梢�，明朝的稅收已經(jīng)弱到了什么地步！這樣的稅收，直接讓官紳階級把稅收轉(zhuǎn)嫁給農(nóng)民。
朱元璋對商業(yè)和商人在政治上采取了壓制措施，規(guī)定商人只準(zhǔn)穿布不準(zhǔn)穿沙。但經(jīng)濟(jì)上的輕視，以至于定商稅三+稅，還規(guī)定書籍筆墨農(nóng)具、舟車絲布之類皆免稅，并下令裁撤稅課司局364處，使商稅較元未大大簡約。“三十稅”是什么概念？也就是說，商稅只有3。33%！今天的商稅多少？起碼有17%增值稅！看看，這差距是多少要是風(fēng)調(diào)雨順的年間，農(nóng)民還能活。但是，隨看明朝時的小冰河時期到來，天實(shí)頻發(fā)，自耕農(nóng)不斷減少，社會矛盾已經(jīng)埋得太深了。一旦大規(guī)模天災(zāi)出現(xiàn)，御址子的農(nóng)民就要造飯，這是亙古不變的規(guī)律�？上В鞒挥谢实凵闲�，官紳階級該怎么瑩斷還是怎么壟斷，該怎么逃稅還是怎么逃稅。
到了明朝后期，崇禎皇帝要加稅來平叛、對后金用兵，遭到文官集團(tuán)的一致反對。因?yàn)樗麄冎擂r(nóng)民身上已經(jīng)沒有油水，加稅收，只能從他們身上出了。
基本上，朱元璋都沿用了秦始皇所推崇的治國之道。秦始皇執(zhí)政期間，它采用了中央集權(quán)制度，主要把皇權(quán)集中在皇上、宰相以及地方這三處。很多朝代都沿用了秦朝所實(shí)行的政治制度，可見秦朝所實(shí)行的政治制度也是深受后世百代帝王的看中。這一制度更有利于皇權(quán)的集中以及大王朝的統(tǒng)一，朱元璋主要把權(quán)力放在了皇上，宰相以及地方這三處。但是朱元璋廢除了宰相制，就連宰相也被朱元璋給殺掉。不是宰相制度，那誰來接替宰相所做的工作呢？