首先，對于康有為一貫提倡的尊孔保教論，他由模糊的懷疑轉為明確的反對�？涤袨榘芽鬃訉W說拔高到宗教的地位，梁啟超則認為孔子學說不是宗教�？鬃訉W說講求倫理道德，治國安邦，是一種積極進取的學說，是入世，而不是出世�？鬃颖救艘膊皇亲诮碳�，對靈魂、鬼神采取一種懷疑乃至敬而遠之的態(tài)度。梁啟超進一步認為，把孔子學說無限上綱，會對現(xiàn)實生活產生深遠的危害，最主要的是束縛國民思想。他認為保教之說是拿近世的新學新理來緣附孔子，這是愛孔子，而不是愛真理。
其次，對于康有為一向堅持的托古改制，梁啟超也漸漸視為陳詞濫調。托古改制學說是康有為在戊戌變法時期著力宣揚的理論，也是他呼吁君主立憲的理論基礎，梁啟超早年對這一學說曾津津樂道。到日本后，梁啟超拋棄了這種站不住腳的論斷，“啟超自三十歲以后，絕口不談偽經，亦不甚談改制，而其師康有為大倡設孔教會，定國教祀天配孔諸議，國中附和不乏，啟超不謂然，屢起而駁之”（《清代學術概論》）。
第三，對于康有為自視甚高的《大同書》，梁啟超也不以為然。梁啟超認為所謂烏托邦式的“大同”，實際上是西方的世界主義，是一種理想，可施于未來，而中國的現(xiàn)狀岌岌可危，講大同于事無補，不如提倡講現(xiàn)實的國家主義。梁啟超晚年曾說：“中國思想之痼疾，確在‘好依傍’與‘名實相淆’，若援思想，而必自謂出孔子；康有為之大同空前創(chuàng)獲，則思想終無獨立自由之望，啟超蓋于此三致意焉，然持論既與其師不合，康、梁學派遂分。”
從康有為和梁啟超兩人的性格和治學精神來看，兩人學術思想的分家是必然的。首先，康有為為人固執(zhí)，他的學術體蠙n尚謂顯紓院蟛輝贛興囊祝?ldquo;有為常言：‘吾學三十已成，此后不復有進，亦不必有進’”。而梁啟超則不然，他善于學習，易于接受新思想，學問突飛猛進的梁啟超與墨守成規(guī)的康有為之間的差異，隨著時間的推移越來越明顯。其次，梁啟超長期跟隨康有為，對康有為為人為學的短處洞若觀火。梁啟超在批評其師的缺點時曾說：“有為以好博好異之故，往往不惜抹煞證據(jù)或曲解證據(jù)，以犯科學家之大忌。”梁啟超到日本后新學得科學主義，大有青出于藍之勢，對他老師的武斷越來越不能容忍了。最后，梁啟超反對治學“好依傍”與“名實相混”，而康氏學說似乎二者均占。二人學術上的分歧越來越大，最終造成康梁學派的分家。
二、政治信仰的乖異
梁啟超在戊戌變法前后，秉承其師衣缽，在保持君主政體不變的大前提下，著力宣揚變革。到日本后，他接受了大量西方先進思想，促成了他學術思想的轉變，并帶動了他政見的改變。他創(chuàng)立新民說，大力提倡自由主義，認為自由是天下的公理，人生的要具。而康有為卻對自由二字深惡痛絕。梁啟超認為興民權是啟迪民智，祛除奴隸性的必要手段�？涤袨檎J為當日之急務在于開民智，但與此同時又不能提倡興民權，否則會天下大亂。
二人最大的政見不同還在于救國之路是革.命還是改良上。康有為始終抱著他的公羊三世說不放，認為歷史必須沿著據(jù)亂、升平向太平世演進，相應的政體只能是君主專制、君主立憲和民主共和，不可“躐（liè）等”（不按次序）。而梁啟超則思想日益激進。1899年，康有為去美洲后，梁啟超與孫中山的關系日益密切，傾向革.命，醞釀兩派聯(lián)合。此事被康有為拆散后，梁啟超專心發(fā)動自立軍勤王起義。起義失敗后，受好友唐才常被殺的刺激，梁啟超又傾向革.命。同時梁啟超閱讀了資產階級思想家的大量著作，思想激蕩，盧梭的《民約論》對他影響尤大，認為是最適合醫(yī)療中國之病的良藥。他拋開了維新變法理論，轉而主張“破壞主義”、革.命排滿等激進思想。在給康有為的信中，明確提出應該搞“民族革.命”�？涤袨橛煮@又怒，在公開的場合，他著文荒謬地把印度亡國的原因歸結到各省的自立上。在私下里，他給梁啟超寫了數(shù)以萬字的信函，一方面痛詆梁啟超，一方面繼續(xù)兜售他的革.命恐怖論。梁啟超表面上屈從于康有為的壓力，實際上仍堅持自己的主張，“惟言革事，則至今未改也。……問諸本心，能大改乎？”