1952年全國院系調整后，原中山大學文理院系與嶺南大學文理院系合并，組成新的中山大學，中山大學入主原嶺南大學校址康樂園。1952年開始，全國高等學校進行了大規(guī)模的院系調整。
　　中山大學工學院、農(nóng)學院、醫(yī)學院、教育學院調出，組建華南工學院（華南理工大學）、華南農(nóng)學院（華南農(nóng)業(yè)大學）、華南醫(yī)學院（中山醫(yī)科大學）、華南師范學院（即華南師范大學）。
　　中山大學天文系由趙卻民教授率領調往南京大學。中山大學地質系主任陳國達教授率領全系師生49人調去湖南中南礦冶學院（現(xiàn)中南大學）。中山大學哲學系由系主任朱謙之教授率領前往北京大學。中山大學人類學系由人類學系主任楊成志教授率領調往北京中央民族學院。分別于1952年10月16、17、20日前往南京、長沙、北京等地報到。
　　新組建的中山大學校區(qū)由石牌遷至原嶺南大學校址。中山大學原石牌校址，遷入了新組建的華南工學院、華南農(nóng)學院等學校，中山大學原百子崗校址，興辦華南醫(yī)學院。
　　1952年院系調整后分設的中山大學和中山醫(yī)科大學于2001年10月合并而成，調整后的新的中山大學，設有中文、外文、歷史、語言、數(shù)學、物理、化學、生物、地理、財政、金融、會計、貿易、企業(yè)管理、政治、法律、社會、經(jīng)濟等18個系，另有俄文、會計、金融、企業(yè)管理4個專修科，中國語言文學、歷史、植物等3個研究所。
　　1953年7月開始第二次院系調整。
　　中山大學的財經(jīng)、政法各系分別調至武漢大學、中南財經(jīng)學院、中南政法學院等院校。同時對圖書、儀器、設備等進行了調配。中山大學圖書館原藏有前華南聯(lián)合大學及廣東法商學院所藏財經(jīng)政法圖書資料，全部調配給中南財經(jīng)學院、中南政法學院。
　　1954年，將全國惟一的語言系由中山大學調整到北京大學，語言系主任王力教授帶領全系師生48人整體遷出。中山大學植物研究所劃歸中國科學院管理（現(xiàn)華南植物園）。同時將原武漢大學、湖南大學、廣西大學、南昌大學、華中師范大學、廣東法商學院（現(xiàn)廣東財經(jīng)大學）等院校部分有關科系師生調至中山大學。
　　1981年成為中國首批有權授予博士、碩士學位的單位之一。
　　1987年12月，國家教委批準中山大學嶺南（大學）學院成立。
　　1997年，進入國家“211工程”序列。
　　2001年1月，進入國家“985工程”序列。
　　2001年10月，原中山大學和中山醫(yī)科大學合并組建新的中山大學。10月26日舉行“中山大學、中山醫(yī)科大學合并組建新的中山大學”。
　　2010年11月中山大學醫(yī)科成為教育部、衛(wèi)生部首批共建高校醫(yī)學院。